Nghệ thuật bonsai có nguồn gốc từ Trung Quốc, sau đó nó được phổ biến sang Nhật Bản và Hàn Quốc khi họ phát hiện trên núi có các cây nhỏ mọc hoang dã giống cây cổ thụ, có sức sống mãnh liệt trong mọi điều kiện khó khăn, sau đó người ta đem nó về trồng trong chậu nhỏ và cắt tỉa, uốn sửa tạo dáng cho đẹp hơn.

Bonsai có vị trí đặc biệt trong cộng đồng cư dân sống tại Trung hoa

và những người Hoa sống ở Đài Loan, Thái Lan và Singapore. Những nghệ nhân bậc thầy về bonsai của Trung Quốc ngày nay vẫn tạo ra sự khác biệt giữa nghệ thuật bonsai và nghệ thuật bồn cảnh.

Nghệ thuật bồn cảnh xuất hiện từ thời kỳ đầu của nhà Hán (khoảng năm 206 TCN đến năm 220). Một trong những truyền thuyết của Trung Quốc cho rằng vào thời này, có vị hoàng đế đã tạo ra phong cảnh trong sân vườn của ông với núi đồi, thung lũng, sông hồ, cây cối. Nơi này miêu tả cho cảnh vật trong đế quốc của ông và ông có thể ngắm toàn bộ "vương quốc" thu nhỏ của mình qua khung cửa sổ. Phong cảnh nghệ thuật này chỉ mình ông sở hữu và cấm mọi người ngắm nhìn. Đây chính là truyền thuyết nói về nghệ thuật tạo hình cây cối, nhà cửa, con người, thú vật ở Trung Quốc.

Còn nói về bonsai, có truyền thuyết cho rằng vào triều đại nhà Tần (năm 221 TCN đến năm 226 TCN), Đào Uyên Minh (còn gọi là Đào Tiềm) là một nhà thơ nổi tiếng và là quan chức có vị trí cao trong xã hội. Ông đã mệt mỏi với công việc triều chính, về ở ẩn tại một nơi hoang vắng và thanh tĩnh. Tại đây ông bắt đầu trồng cây hoa cúc vào trong chậu. Đây là bước khởi đầu của việc trồng cây trong chậu.

Năm 1972, người ta phát hiện ra cây bonsai trong hầm mộ của hoàng tử Zhang - huai (đời nhà Đường, từ năm 618 đến năm 907).

Năm 1000, vào triều đại nhà Tống, có những bài thơ miêu tả bồn cảnh và nhiều tài liệu dạy cách tạo ra tác phẩm bonsai.

Vào triều đại nhà Nguyên (từ năm 1280 đến năm 1368), những vị bộ trưởng và thương gia người Nhật đã đưa những cây bonsai từ Trung Quốc về Nhật Bản, xem nó như là những món quà tặng.

Cuối triều đại nhà Minh, Chu Shun - sui, một vị quan Trung Quốc, vì không chịu được luật lệ hà khắc đã bỏ trốn sang Nhật. Khi đi ông đã mang theo toàn bộ tuyển tập cây cảnh. Ông đã góp phần quảng bá nghệ thuật cây cảnh ở Nhật Bản. Thời ấy Nhật Bản đã tạo ra một cách riêng trong việc trồng bonsai. Đây là một nghệ thuật dành cho giới quý tộc, đó là giới samurai và đến cuối thế kỷ mới trở thành sở thích của mọi tầng lớp trong xã hội Nhật Bản.

Vào triều đại nhà Thanh (từ năm 1644 đến năm 1911) bồn cảnh và bonsai trở thành sở thích của tất cả các tầng lớp trong xã hội Trung Quốc.

Năm 1879, người Nhật đã giới thiệu bonsai đến hội chợ thế giới tại Paris rồi tới London vào năm 1909.

Năm 1989, nghệ thuật bonsai đã phát triển đến giai đoạn phổ thông trên khắp thế giới.